La Junta de Planificación de Puerto Rico fue creada inicialmente por la Ley Núm. 213 del 12 de mayo de 1942, comenzando operaciones el 10 de agosto del mismo año bajo la presidencia del Dr. Rafael Picó Santana, siendo entonces Gobernador de Puerto Rico, Rexford G. Tugwell. El establecimiento de la Junta de Planificación no inició la planificación en Puerto Rico, ya que, en mayor o menor grado, todos nuestros gobiernos habían planificado. Sin embargo, la ley del año 1942 estableció las bases para sistematizar y organizar la planificación en la Isla para hacerla más efectiva y democrática. 

En ese año, la asignación inicial que se hizo para la Junta de Planificación fue de $100,000. Al inicio de sus operaciones la Agencia contaba con 18 empleados regidos por una “Junta” de tres (3) miembros, constituida inicialmente por Santiago Iglesias (hijo), Antonio Texidor y su presidente, el Dr. Rafael Picó. Respondiendo a las necesidades y cambios socioeconómicos que enfrentaba Puerto Rico, en 1975 mediante la Ley Núm. 75 de 24 de junio de ese mismo año, por primera vez se revisó de forma integral la Ley de la Junta de Planificación de Puerto Rico de 1942. La Junta es el brazo fundamental del gobernador para diseñar y formular la política pública a corto, mediano y largo plazo del desarrollo económico, y el uso de los recursos de la Isla.  El 12 de mayo de 1943, la Legislatura aprobó la ley habilitadora número 122 que facultó a la Junta de Planificación a crear el Comité para Diseño de Obras Públicas y tuvo la encomienda de preparar los planos para un Puerto Rico de la posguerra, se diseñaron y construyeron hospitales, escuelas, viviendas y centros comunitarios en toda la isla. 

La Ley 68-1945 ordenó a la Junta de Planificación a preparar mapas de límites territoriales de los municipios y barrios de Puerto Rico y en el 1950 la Junta completó esta tarea.  Las líneas municipales y de barrios fueron trazadas sobre el mapa topográfico de Puerto Rico, e impreso por la Oficina del Servicio Geológico de los Estados Unidos. La Ley 264-1945 proveyó a la Junta de Planificación los procedimientos a seguir para declarar “zonas de arrabal”.  Posteriormente, la Ley Núm. 97-1947 define la autoridad de la Junta de Planificación en programas de eliminación de arrabales y renovación urbana. La planificación económica como función organizada del Gobierno empieza con gran impulso en Puerto Rico con el establecimiento de la División de Economía de la Junta de Planificación en el 1950.  

La visión de un Puerto Rico planificado llevó a la creación de la Escuela Graduada de Planificación de la Universidad de Puerto Rico Recinto de Rio Piedras, la cual recibió la aprobación del Consejo Superior de Enseñanza el 30 de abril de 1965 y desde entonces ofrece programas de estudios conducentes a grado de Maestría en Planificación y especialidades que incluyen la Planificación Urbana y Territorial; Planificación de los Sistemas Económicos; Política y Planificación Social; y Planificación del Medio Ambiente.  Esta escuela ha sido centro de formación de planificadores para Puerto Rico, el Caribe y América Latina. Es una entidad de prestigio y reconocida por la “American Institute Schools of Certified Planners”, la “Association of Collegiate Schools of Planning”, y acreditada por el “Planning Accreditation Board”. El 4 de Junio de 1975, mediante la Ley Núm. 76 se revisó a la Ley Orgánica de la Junta y se creó la Administración de Reglamentos y Permisos (ARPE), a la cual la Junta le delegó parte de sus funciones operacionales. En el 1988 por vía de la Ley 148 se le ordenó a la Junta estructurar un programa de incentivos especiales para estimular la rehabilitación del barrio Santurce en San Juan. 

Más adelante, la Ley 26-2001 enmendó la Ley 75-1975 a fin de requerir que por lo menos uno (1) de los miembros asociados deberá contar con preparación académica y experiencia en el área de planificación y poseer la Licencia de “Planificador Profesional”, siendo esta la única profesión exigida por ley a los miembros de Junta. Esta ley, además, aumentó el número de miembros asociados de la Junta de Planificación a siete (7) para dotar a este organismo de la agilidad necesaria para ejercer a cabalidad sus funciones y la integración de tres (3) miembros alternos que colaboren en la formulación e implantación de la política pública. En el 2009 mediante la Ley Núm. 161 de ese mismo año, la Junta es reformada sustancialmente y la antigua ARPE desaparece, creándose la Oficina de Gerencia de Permisos (OGPe) así como la figura del Profesional Autorizado; y otras como la Oficina del Inspector General de Permisos (OIGPe) y la Junta Revisora (antes Junta de Apelaciones), ya inexistentes.  

Estas nuevas oficinas promueven la transparencia y uniformidad en la emisión de permisos y crean un mecanismo ágil y rápido que permite el desarrollo integrado de los recursos de Puerto Rico. En el 2018 la Ley Orgánica de la Junta vuelve a sufrir nuevos cambios con la Ley 141-2018.  La Junta de Planificación es un instrumento esencial en el desarrollo integral de la sociedad y todos sus componentes. Por eso la planificación es dinámica y responde a las necesidades y cambios de todo tiempo. Sin embargo, el principio rector que creo la Junta en 1942 ésta presente en todo momento atemperándose a los cambios.